時值豐臣秀吉還是木下藤吉郎時的戰國戰亂之刻。此時還沒有統治天下者，各地大名皆以〝唯吾能一統天下〞而動作不斷!!另一方，在地方上出現了由甲賀幻妖齋所率領的名為金目教的神秘宗教。以迷惑民眾、拓展金目教、奪取天下為目標，在暗地裡活躍著。為了對抗金目教，竹中半兵衛受了木下藤吉郎的命令，要找出〝影之一族首領•赤影〞，可是……!?